南京作为教育重镇，拥有众多知名高校，其中考研难度较高的大学包括：
1. 南京大学：作为C9联盟成员之一，南京大学在多个学科领域都有很高的学术地位，考研竞争激烈。
2. 东南大学：同样属于C9联盟，东南大学在工程技术领域享有盛誉，考研难度较大。
3. 南京师范大学：作为江苏省属重点师范大学，南京师范大学在教育学、文学等领域具有较高声誉，考研竞争激烈。
4. 南京理工大学：在材料科学、化学工程等领域有较高地位，考研难度较高。
5. 南京航空航天大学：在航空航天领域享有盛誉，考研竞争激烈。
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