考研自主出题的学校主要有以下几所：
1. 清华大学：清华大学以其高水平的自主命题能力著称，涉及各学科领域。
2. 北京大学：北京大学同样拥有较强的自主命题能力，涵盖各个专业。
3. 上海交通大学：上海交通大学在工程、管理等领域有较强的自主命题能力。
4. 浙江大学：浙江大学在自然科学、人文社会科学等学科领域具有较强自主命题能力。
5. 南京大学：南京大学在自然科学、人文社会科学等学科领域也有较强的自主命题能力。
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