根据539分的成绩，你可以申请众多知名大学。以下是一些可能性：
1. 211工程院校：如东北大学、华中科技大学、中南大学等。
2. 部分985工程院校：如西北工业大学、重庆大学等。
3. 强势专业型大学：如哈尔滨工业大学（航天专业）、北京理工大学（兵器专业）等。
至于考研，只要你的本科院校不是“985工程”或“211工程”的，或者你的专业排名较低，你依然可以报考“985工程”或“211工程”的院校。具体考研情况，建议关注目标院校的招生简章。
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