日本动画考研机构主要包括以下几所：
1. 东京艺术大学（Tōkyō Geijutsu Daigaku）：作为日本最著名的艺术类大学之一，东京艺术大学在动画领域享有极高的声誉，其研究生课程涵盖了动画制作、动画理论等多个方向。
2. 多摩美术大学（Tama Art University）：多摩美术大学在动画制作方面实力雄厚，提供动画、漫画、游戏等相关专业的研究生课程。
3. 武藏野美术大学（Musashino Art University）：武藏野美术大学在动画制作领域具有很高的知名度，其研究生课程涵盖了动画、漫画、游戏等多个方向。
4. 神户艺术工科大学（Kobe University of Art and Design）：该校在动画制作、动画理论等方面具有较高水平，提供相关专业的研究生课程。
5. 日本电影学院（Nihon Eigakusha Gakuen）：日本电影学院专注于电影、动画等领域，提供相关研究生课程。
6. 京都造型艺术大学（Kyoto City University of the Arts）：该校在动画制作、动画理论等方面具有较高水平，提供相关专业的研究生课程。
7. 长冈造型大学（Nagaoka University of the Arts）：长冈造型大学在动画制作、动画理论等方面具有较高水平，提供相关专业的研究生课程。
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