考研电气工程及其自动化专业的热门院校主要包括：
1. 清华大学：作为中国顶尖的工程技术大学，清华大学的电气工程专业在国内外享有极高的声誉。
2. 上海交通大学：以其强大的电气工程学科实力，上海交大在电气工程领域的研究和教学均处于领先地位。
3. 华中科技大学：该校的电气工程专业历史悠久，科研实力雄厚，是电气工程领域的重要基地。
4. 西安交通大学：作为中国西部地区的工程技术重镇，西安交大的电气工程专业同样享有盛誉。
5. 浙江大学：浙江大学电气工程学科综合实力强劲，尤其在新能源、智能电网等领域具有显著优势。
6. 南京航空航天大学：该校的电气工程专业在航空、航天领域具有独特优势，科研实力不容小觑。
7. 天津大学：天津大学电气工程专业历史悠久，学科综合实力较强，尤其在电力系统、电机等领域有突出表现。
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