直考修士难度较高的学校主要包括：
1. 东京大学：作为日本顶尖学府，东京大学在各个学科领域均有卓越表现，直考修士竞争激烈。
2. 京都大学：与东京大学齐名的京都大学，同样在直考修士领域具有较高的难度。
3. 早稻田大学：作为日本著名私立大学，早稻田大学在直考修士方面竞争激烈。
4. 名古屋大学：名古屋大学在直考修士方面难度较大，尤其在理工科领域。
5.九州大学：九州大学在直考修士方面具有一定的难度，尤其是在医学、工学等领域。
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