考研档案主要由以下部门处理：
1. 高等教育自学考试委员会办公室：负责自学考试档案的管理。
2. 普通高等学校招生委员会办公室：负责普通高校招生档案的整理与审核。
3. 研究生招生办公室：负责研究生招生档案的收集、审核和归档。
4. 成人高等教育招生办公室：负责成人高考档案的整理与归档。
5. 军队招生办公室：负责军队院校招生档案的管理。
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