新疆地区开设考研军校的主要学校有：
1. 新疆大学：作为新疆地区的一所综合性大学，新疆大学设有军事理论课，为学生提供考研的相关指导。
2. 石河子大学：以农业科学为特色的综合性大学，石河子大学在军事教育方面也有一定的优势。
3. 新疆师范大学：以教师教育为特色的高等学府，在军事理论教育方面也有一定的资源和条件。
这些学校为有志于进入军队工作的学生提供了考研的机会，特别是在军事理论、国防教育等领域。
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