新疆地区考研热门的本科院校主要有以下几所：
1. 新疆大学：作为新疆地区唯一一所“211工程”重点建设高校，新疆大学在多个学科领域均有较高的教学和研究水平，考研竞争激烈。
2. 石河子大学：位于新疆石河子市，是新疆维吾尔自治区人民政府和教育部共建高校，学科门类齐全，是考研的热门选择。
3. 新疆农业大学：新疆农业大学以农业科学为特色，拥有多个国家级、省部级重点学科，是考研学子关注的重点。
4. 新疆医科大学：新疆医科大学是新疆地区唯一一所集教学、科研、医疗、预防为一体的高等医学院校，医学相关专业考研竞争较为激烈。
5. 新疆师范大学：新疆师范大学以师范教育为主，拥有多个省级重点学科，是考研的热门选择。
6. 新疆财经大学：新疆财经大学以经济学、管理学为主，是新疆地区唯一一所财经类本科院校，考研竞争较为激烈。
7. 新疆理工学院：新疆理工学院是新疆地区一所综合性本科院校，近年来在考研方面表现突出。
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