考研中自主命题的科目主要包括：哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等。这些科目由各招生单位根据国家教育部规定的考试大纲自行组织命题。此外，部分专业学位如法律硕士（法学）、法律硕士（非法学）、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）等，也实行自主命题。考生在准备考研时，需关注目标院校的官方公告，了解具体科目的命题情况。
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