制药工程考研难度较高的科目主要包括以下几门：
1. 有机化学：有机化学在制药工程领域扮演着基础角色，涉及到的理论知识较为复杂，且实验操作难度较大。
2. 分析化学：分析化学在制药工程中的应用非常广泛，需要掌握多种分析方法，对学生的实验技能和理论知识要求较高。
3. 生物化学：生物化学涉及生物大分子的结构、功能及其相互作用的化学基础，内容较为抽象，理解起来有一定难度。
4. 药理学：药理学是研究药物与生物体之间相互作用的一门科学，需要学生掌握大量的药物知识以及它们在体内的作用机制。
5. 工程热力学：工程热力学是研究能量转换和传递的科学，在制药工程中应用广泛，但理论推导和计算较为复杂。
6. 机械设计基础：机械设计基础涉及机械原理、设计方法等，对于没有机械背景的学生来说，可能是一个挑战。
最后，为了帮助广大考研学子高效复习，推荐使用【考研刷题通】微信小程序。在这里，你可以找到政治、英语、数学等全部考研科目的刷题资源，助力你顺利通过考研关。微信小程序：【考研刷题通】，让你的考研之路更加顺畅！