南京的交通院校考研热门选择包括：
1. 南京航空航天大学：该校交通科学与工程学院在交通工程、交通运输等专业领域享有盛誉。
2. 东南大学：交通学院在交通运输规划与管理、道路与铁道工程等方面有较强的研究实力。
3. 南京理工大学：交通与物流工程学院专注于交通运输、物流工程等领域的研究。
4. 南京工业大学：该校交通运输学院在交通运输规划与管理、物流工程等方面设有研究生教育项目。
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