考研制药工程中，难度较高的科目通常包括：
1. 有机化学：涉及复杂的有机分子结构和反应机理，需要较强的理论基础和实际操作能力。
2. 物理化学：涵盖热力学、动力学等内容，理论性较强，理解难度大。
3. 药物分析：涉及多种分析方法的原理和应用，对实验技能要求高。
4. 生物化学与分子生物学：涉及生物大分子结构和功能，以及它们在药物研发中的应用，内容广泛而深入。
备考时，建议加强这些科目的基础学习，多做题、多总结，以提升解题能力和应试技巧。
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