南京地区设有日语专业的考研院校主要有以下几所：
1. 南京大学：作为一所综合性大学，南京大学设有日语语言文化系，为学生提供丰富的日语学习资源和考研机会。
2. 南京师范大学：该校的文学院设有日语系，为日语专业学生提供考研指导。
3. 南京理工大学：该校的外国语学院设有日语专业，为学生提供日语考研指导。
4. 南京农业大学：该校的外国语学院设有日语专业，为日语专业学生提供考研服务。
5. 南京中医药大学：该校的外国语学院设有日语专业，为学生提供日语考研辅导。
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