新疆地区考研热门的大学主要有以下几所：
1. 新疆大学：作为新疆地区最高学府，新疆大学在多个学科领域都有较强的研究实力，是考研的热门选择。
2. 石河子大学：位于新疆石河子市，以农业科学为特色，是新疆地区农业类考研的热门学校。
3. 新疆农业大学：以农业科学为主，农业相关学科在新疆农业大学具有较高的教学和研究水平。
4. 新疆师范大学：虽然以师范教育为主，但在农业科学、生态学等相关领域也有一定的教学和研究实力。
选择考研院校时，建议考生根据自己的兴趣和职业规划，综合考虑学校的专业实力、地理位置、生活条件等因素。
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