数学考研自命题院校主要包括以下这些：
1. 清华大学
2. 北京大学
3. 上海交通大学
4. 浙江大学
5. 中山大学
6. 华中科技大学
7. 四川大学
8. 西安交通大学
9. 中国科学技术大学
10. 南开大学
这些院校在数学考研自命题方面具有较高的知名度和认可度。考生在选择院校时，可以根据自己的兴趣和职业规划进行参考。
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