在职考研的医护人员可以选择以下医院进行深造：
1. 北京协和医学院附属协和医院
2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院
3. 复旦大学附属中山医院
4. 华中科技大学同济医学院附属同济医院
5. 四川大学华西医院
6. 中国人民解放军总医院（301医院）
7. 浙江大学医学院附属第一医院
8. 南京医科大学附属第一医院
9. 山东大学齐鲁医院
10. 中山大学附属第一医院
这些医院不仅医疗技术先进，而且在研究生教育和科研方面也有很高的声誉，是医护人员在职考研的理想选择。
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