深度思考研究方法主要包括以下几种：
1. 案例分析法：通过对具体案例的深入研究，挖掘问题本质，提炼经验教训。
2. 文献综述法：系统整理和分析相关领域的文献资料，梳理已有研究成果，为研究提供理论支撑。
3. 比较分析法：对不同案例、不同理论、不同方法进行比较，发现异同，从而得出结论。
4. 实验研究法：通过设计实验，对变量进行操控，观察和测量实验结果，以验证假设。
5. 调查研究法：通过问卷、访谈等方式，收集大量数据，分析研究对象的特征和规律。
6. 行动研究法：将研究与实践相结合，通过实践来发现问题，再通过研究来解决问题。
7. 系统分析法：从整体角度出发，分析研究对象内部各要素之间的相互关系，找出关键问题。
8. 逻辑推理法：运用逻辑思维，通过归纳、演绎等方法，对问题进行推理和论证。
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